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哥吉拉電影配合著戰後女性的職業升遷轉換，在劇中改變著角色安排與設定。就像新力和哥吉拉系列的合作中，置入行銷產品隨著時代的發展，從收錄音機改為可攜式電視直到筆記型電腦一樣。相對於軍人、科學家這種男性形象在哥吉拉系列中始終如一。女性的形象即使是在客群偏向兒童的作品中，還是會迎合時代讓女性展現新面貌。
與此相對地，《哥吉拉vs戴斯特洛伊亞》裡的山根惠美子，卻成為來自過去的警言。她認為伊集院的「微氧分子」和芹澤博士的「氧氣破壞劑」有相似之處，並告訴由佳里當年的「氧氣破壞劑」很可能會以另一種面貌作為恐怖武器重現於世。後來，再次遇見由佳里的伊集院，因為東京灣底下的工地現場發生異變，而開始調查四十年前因為氧氣破壞劑而產生異變的地層。雖然伊集院說他在研究氧氣之外也有把芹澤博士的事情放在心上，但他也展現出研究地層的興趣。換句話說，伊集院這個角色兼具地質專家山根博士和化學專家芹澤博士兩種特性。
深埋在地層中、因刺激而開始活動的戴斯特洛伊亞，擁有四階段的變身能力(可能是向昭和系列的公害怪獸黑多拉致敬)。雖然它是在前寒武紀的無氧狀態下也能生存，然而卻因為氧氣破壞劑的影響而變成怪獸。戴斯特洛伊亞在劇中最初開始活動的地點為品川水族館的水槽中，這是紀念第一代哥吉拉登陸日本的地點。
另一方面，山根健吉所加入的、專門監視哥吉拉的「g-force」機關，必須在哥吉拉襲擊香港，經過臺灣、沖繩海域並透過豐後水道北上時將其阻止。他們推測哥吉拉打算前往四國的核電廠攝取鈾燃料。為了阻止哥吉拉，自衛隊出動秘密武器「超級x-3」。超級x-3發射冷凍武器及強力鎘彈，暫時讓哥吉拉停止活動。冷凍武器可說是承襲自《哥吉拉的逆襲》中雪崩戰術的點子吧。後來也發現，這只能讓哥吉拉暫停六小時而已，充其量只是臨時措施。
此時，又發現了一隻哥吉拉正穿過御前崎。一次出現兩隻哥吉拉，也成了這部電影的要點。這隻其實是前作《哥吉拉vs太空哥吉拉》中，有著滴溜溜的可愛眼睛、有如寵物般的小哥吉拉，不過因為巴斯島爆炸，而化身為另一頭哥吉拉。它因為歸巢本能的影響，所以打算回到白令海上的誕生故鄉小島。它與其說是長大了，不如說是因為天然鈾礦的爆發而改變面貌。這一隻哥吉拉便改稱為「哥吉拉二世」(junior)。
利用哥吉拉打倒蔓延東京的戴斯特洛伊亞(注28)，同時又打算利用戴斯特洛伊亞擊潰哥吉拉，也是這部電影的亮點之一。換句話說，人們計劃在兩隻怪獸自相殘殺中漁翁得利。為此，他們還利用心靈感應將哥吉拉二世呼喚到東京，好吸引哥吉拉追來。這一次的秘密武器，可以說就是心靈感應。
有明、天王洲、御臺場、羽田機場是這部電影的主戰場。體溫不斷上升的哥吉拉和哥吉拉二世互相以吼聲回應，讓人聯想到《原子怪獸》的原作《霧號》。在雷&iddot;布萊伯利的這篇小說中，孤獨生活於深海的恐龍尋求同類而現身，將燈塔的霧笛當成是同類的嗚叫聲。被哥吉拉二世擊倒的戴斯特洛伊亞潰散後，又合體為巨大化的最終形態，接著和哥吉拉之間的對決就是這部電影的高潮。當戴斯特洛伊亞想要遁逃時，自衛隊以武器凍結其翅膀，落在即將爐心熔毀的哥吉拉一旁。
哥吉拉抵達臨界溫度而開始爐心熔毀，同時因放射線而逐漸溶化。此時伊集院看著哥吉拉說：「哥吉拉要把東京熔為死城」，而由佳里則說：「對於擁有核能卻濫用的我們人類來說，這就是贖罪吧」。這裡強調的印象是，自從四十多年前的第一次襲擊以來，東京再一次因為哥吉拉而破滅。而且，會有許多人因為放射能而與哥吉拉一同死去。在眾人的目送下，哥吉拉以全身融化的方式死亡，
