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針對這種需要，很多學者不斷把孔孟的著述加以新的注釋，而把這些注釋綜合調和以構成一種思想系統的，則是宋代的大儒朱直。他是孔孟以後儒家學派中最有影響的思想家，死後被尊為賢人。他對儒家經典的論述具有權威性，他的《四書集註入是明朝、清朝兩代士人規定的教科書，也是科舉考試的標準答案。
他的治學方法被稱為&ot;理智化&ot;、&ot;客觀&ot;、&ot;歸納法&ot;，有時甚至被認為有&ot;科學&ot;的根據。未亮對過去的歷史和哲學著作熟讀深思，進行整理。他的結論是，歷史上各個朝代的盛衰興亡，以及宇宙中的各種自然現象，都有共通的原則，而且彼此印證。其學說的基礎，乃是宇宙和人間的各種事物都由&ot;氣&ot;構成，透過&ot;理&ot;的不同形式而成為不同的&ot;物&ot;。這所謂&ot;物&ot;，包括具體的事物如日月星辰，也包括抽象的倫理如孝梯忠信。這種把具體和抽象混為一談的方法，是中國思想家的傳統習慣，也合於他們一無論的宇宙觀。因為他們認為，一個人看到一件事物，這種事物就不是孤立的，不可能與環境隔離。他們著重於事物的功能。一件事物具有特性，就是因為它和其他事物發生了關係。白色的東西有白色的特質，是因為有光線的反射，見於人眼。這也就是說，凡&ot;物&ot;皆有動作，光線的反射見於人眼是一種動作，為人忠孝也是一種動作。運用這樣的觀點，未竟把雷霆和鞭炮看成相似之物，因為兩者都是&ot;鬱積之氣&ot;企圖發散。
孔子的仁，孟子的性善論，乃至中國社會傳統的組織和習慣，都被朱熹視為&ot;天理&ot;。但是人可能違反天理，因為各人秉氣不同，有清有濁。如果濁氣抬頭，天理就被&ot;人慾&ot;所取代。補救的辦法是&ot;格物&ot;，也就是接受事物和觀察、研究事物。他說：&ot;所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。&ot;透過格物，可以使人發現天理。
事實上，朱熹所使用的方法並不是歸納法，也很難說得上科學性。用類比以說明主題，是戰國時代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其實人性與水性並沒有聯絡，所謂相似，不過是存在於孟子的主觀之中。朱熹的格物，在方法上也與之相同。在很多場合之下，他假借現實的形態以描寫一種抽象的觀念。他認為一草一木都包涵了&ot;理&ot;，因此他所格的&ot;物&ot;包括自然界。在他看來，傳統的社會習慣，乃是人的天賦性格。但是他在作出結論時，卻總是用自然界之&ot;理&ot;去支援孔孟倫理之&ot;理&ot;。這也就是以類似之處代替邏輯。
對未合的思想系統，可以從不同的角度批判。其中重要的一個方面是，假如人之愚頑不肖，如他所說在於氣濁，則這種生理性的缺點就應當採取機械性的方式補救，例如著眼於遺傳，或者如道家的注重吐納。然而朱蓮反對這樣的辦法。他認為這些氣濁的人應該接受教育，經過不斷的努力，才可能接近真理。這樣一來，朱熹之一個全體的、有組織的宇宙，已成問題，即倫理之理有別於物理之理。
大凡高度的概括，總帶有想像的成分。尤其是在現代科學尚未發達的時代，哲學家不可能說明宇宙就是這樣，而只能假定宇宙就是這樣。在這一點上，朱熹和其他哲學家並無區別。既然如此，他所使用的方法就是一種浪費。他的植物，要求別人接觸植物、地質、歷史和地理等各個學科，但目的不在這些學科的本身上追求真理。因為對任何問題，他的結論已作出於觀察之先，而且作出這些結論的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人們就不能不產
