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為了表示胸襟開闊，申時行對參劾過自己的官員概不追究，甚至還建議其中的幾位官員晉級。另一件出人意外之事則是他替鄒元標說好話。這一位鄰元標，除了上書觸怒聖顏之外，還幫助反對申時行的一派逐走了他的兒女親家徐學漠。萬曆本來想重辦鄒元標，申時行出來討價還價，終於使鄒沒有受到廷杖，僅以除籍了事，而在鄒元標離職以後，申時行還在設法使他能第二次被召復職。
1587年又值京察之年，這是一個極好的機會可以宣揚他作為大政治家的誠意。京察每六年舉行一次，全部京官都將被考核。各地巡撫由於帶有都察院御史的頭銜，所以也同於京官在考核之列。與他前任1581年的原則相反，申時行力主人事上的穩定。隨即訊息傳來，政府讓大小官員各安其位。於是眾心欣慰。京察的結果，凡由進士出身的職官只有33人降級或罷免，而且這33人，沒有一個出於吏部、都察院或翰林院這些傳統上最富敏感的機關。這種想道穩定了文官集團的情緒，也穩定了首輔自己的地位，他被眾口交譽為老成持重，有古君子之風。
他和萬曆之間的關係也越來越好，概言之，即已經由協調進而為親密。冊封萬曆的寵妃鄭氏為皇貴妃時，他被委為正使之一。申時行又奉派為總攬大峪山今上陵寢的建築工程，並已到施工之處巡視多次，一次在嚴寒，一次在酷暑。1587年，他報告一切進行都很順利。萬曆龍顏大悅，特賞首輔申先生織有雙喜字的錦緞一匹，讓他製成新衣，以供閱陵時服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用，申先生又能以他高超的勸說能力，委婉地請求今上放棄他禁中內操，即在皇城中訓練以宦官編成的軍隊，並同意不再隨便出城巡閱，管束職掌特務的宦官張鯨。這些事情，如果不是申時行採用恰當的方式調停，很可能造成皇帝與百官間的衝突。因為在這些地方文官們有他們堅定強硬的看法，要是他們一定要以道德的名義在御前海諫，言語衝突之餘，萬曆一動反感，很可能導致一意孤行。申閣老防患於未然，確已盡到從中調濟的職責。
反對申時行的則仍稱他為妥協，一味只顧目前適用，放棄原則。申時行當然有他的辦法答辯。他表示，要是不恢復百官間的彼此信賴，怎麼可以使他們大有作為，為皇上推行開明的政治？
管理我們這樣一個大帝國，在許多問題上一定是要生間隙的。張居正以整飭紀律自居，而實際上他是強迫要求各人保證不生牌隙。申時行用恕道待人，又鼓勵城信，就是期望各人自動地各盡其能地補救夠隙。申時行的立論並非沒有理由，但是從他四年內在文淵閣執政的紀錄上看，其成功的希望至為微小。
推廣誠意的方式是經常不斷地舉行禮儀，講解&ot;四書&ot;和其他經史，然而最近以來，申時行已經不能勸說萬曆皇帝出席他應該主持的禮儀，經筵也久被擱置。申先生內心明白，經過張居正事件之後，皇帝對各種告汗、爭論和答辯已經不感興趣，他對一切都取懷疑的態度。因為他從小束髮受教，就聽說&ot;王者無戲言&ot;，天子應對一切事物認真，更要在一句一語之間，相信親信人的話。而現在看來，每個人都是說管說，做管做，兩不相干，這又何怪乎他懷疑一切？他之所謂&ot;訕君賣直&ot;，就表示他已經知道凡事都有其明暗陰陽。他對廷臣要求他為堯舜之君的說法不加反對，因為這是&ot;四書&ot;中的準則，又是祖先的訓示，不容置辯。可是以他的聰明敏感，誰又能夠保證他在內心深處，沒有把這種要求當成臣下為他設定的羈絆？
皇帝放棄誠意，使申時行至為不安。然而他沒有更好的辦法，只好自己堅持信心，靜待時機的好轉。可是無情的時光，究竟還有多少讓申時行來安排和等待呢？1587年，即萬曆十五年的秋天，他作為首輔已四
