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淝水之戰前，苻堅派氐人呂光徵西域。呂光攻下龜茲，&ldo;王侯降者三十餘國&rdo;。淝水戰後，他自領涼州刺史。苻堅死，他建立後涼(385年～403年)，定都姑臧(甘肅武威)。他用漢人段業、盧水胡人沮渠羅仇等五人為尚書。後因故殺羅仇，羅仇侄蒙遜和段業相繼叛後涼。
呂光侄子呂隆時，內部矛盾尖銳，外有北涼和南涼的進攻，呂隆被迫投降後秦。沮渠蒙遜反叛後，推段業為主，稱涼王，定都張掖，史稱&ldo;北涼&rdo;(397年～439年)。以後，蒙遜殺段業自立，後來被北魏所滅。
南涼(397年～414年)，定都廉川堡(青海樂都)，是河西鮮卑禿髮烏孤所建，後為西秦所滅。
西涼(400年～421年)是漢人李暠建立的政權，先後建都敦煌、酒泉。李暠注意發展生產，&ldo;年穀頻登，百姓樂業&rdo;。又在玉門、陽關一帶屯田，勢力遍及西域，後為北涼所滅。
十六國時期的政權，多是以&ldo;胡&rdo;人貴族為主的&ldo;胡&rdo;、漢上層集團的聯合統治。由於其內部矛盾複雜，所以這些政權存在的時間都不長。
佛教在東晉南北方的廣泛傳播
佛教在東晉時代形成南北區域，北方少數民族建立的二趙、三秦、四燕、五涼及夏、成漢等十六國的統治者，大多信仰佛教並加以提倡。在後趙、前後漢、北涼均盛行佛教，特別在前秦、後秦時期，很多人信仰佛教，並出了一些高僧，代表人物為道安和鳩摩羅什。此外，以神異著稱的佛圖澄，因為贏得了後趙石勒、石虎的崇奉而使華北佛教得以保全和發展。
南方的東晉王朝，其文化是西晉文化的延續。隨著一些著名僧人不斷南移，形成了廬山與建康兩地的佛教興盛，代表人物則有慧遠和佛陀跋陀羅。
東晉朝廷中信佛的也有很多，元帝和明帝都禮敬沙門，元帝又&ldo;造瓦官，龍官二寺，度丹陽，建業千僧。&rdo;明帝也&ldo;造皇興，道場二寺，集文學，名稱百僧&rdo;，不少帝室、朝貴、名僧及一般士人，如許詢、王羲之等也醉心於佛寺建築上，歷史上著名的東林、瓦官、長幹道場等寺均修築於這一時期。
北方佛寺的建築，在這段時期中也極為強盛。佛圖澄在北方興建的佛寺有893所，後秦的姚興&ldo;起造浮圖於永貴裡，立般若臺，居中作須彌山，四面有崇巖峻壁，珍禽異獸，林草精奇，仙人佛像俱有。&rdo;這些都是宏偉的佛教建築。
東晉末年的天災和東晉統一北方之戰
東晉末年安帝時期，戰亂加劇，疫病也多次發生。公元405年十月，發生流行斑疹傷寒，疫情較重。408年，劉敬宣伐蜀，部隊大疫。411年春，又出現大疫。 疫病的持續流行，造成了大量人口死亡和嚴重的饑荒。這似乎預示著東晉王朝正在走向衰亡的命運。
東晉末年，不堪忍受悲慘命運的老百姓在琅玡大族孫泰、孫恩的領導下，在江東爆發了大規模的起義，並佔領了江東八郡。後遭到晉軍鎮壓，而退守海島。404年，義軍由水路佔領廣州。
而此時東晉王朝內部也出現了動盪。402年，司馬道子的世子元顯乘荊州發生饑荒，舉兵討伐桓玄。桓玄殺入京城建康，殺死了元顯、道子和北府兵將領劉牢之等，掌握東晉大權。次年，桓玄廢了安帝自立，國號楚。
404年，大將劉裕討伐並消滅了桓玄，東晉政權落到了劉裕手中。
劉裕是個頗有才略之人。他掌握東晉大權後，進行了一系列改革，
主要有：
一、整頓吏治。他罷掉或處死的官吏有許多是士族或皇族出身。他的親信、功臣中有&ldo;驕縱貪侈，
