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馬麒父子雖然沒有參與河州事變，然而，馮玉祥卻以追擊馬仲英為由，命令孫連仲部挺進西寧，馬麒父子極不情願，但亦無可奈何。孫連仲到達西寧後，馬麒迫於形勢，交出大權，西寧政局遂由國民軍控制。同年12月，國民政府決定寧夏、青海分別建省，孫連仲任青海省主席，馬麒只能省個省府委員兼建設廳長。對此，馬麒父子採取忍耐的態度，馬步芳極力拉攏孫連仲部將高樹勛，很快得以從團長升任旅長，並允許擴編寧海軍。1929年，馬步芳在化隆、循化大肆招兵，組編了三個團，兩個獨立營，實力大增。
1929年10月，馮玉祥調孫連仲部東移，準備參加中原大戰。孫連仲、高樹勛離開青海前，將馬步芳調入西寧，並讓馬麒代理青海省主席一職。1930年1月，馬麒被正式任命為青海省主席，實現了馬麟父子要控制青海全省的願望。馬麒出任省主席後，馬麟則任甘肅省保安總司令，馬步青任旅長，而馬步芳則出任青海暫編第一師師長。
中原大戰中，馬麒雖派出馬步青一旅隨馮玉祥部參戰，然而，他也在暗中與蔣介石聯絡，為自己鋪設後路。1930年9月，中原大戰結束，馮玉祥反蔣失敗，馬麒父子立即通電擁蔣，又請時任國民政府蒙藏委員會委員長的馬福祥在蔣介石面前說好話，蔣介石終因青海鞭長莫及，也很快承認了馬麒父子在青海的統治地位。
馬麒父子投靠蔣介石後，積極為蔣介石效勞，馬步芳以他在西寧所組編的青海暫編第一師，向國民軍的餘部進攻。1931年4月，馬步芳又率部眾，追剿馬仲英部。馬仲英節節潰敗，最後走避新疆。
1931年8月5日，馬麒在西安病逝。青海省地方官員黎丹等人推舉馬麟繼任省主席，但馬步芳雖只有二十八歲，也謀圖其父的地位。不料，南京方面傳來訊息，蔣介石打算接受于右任建議，準備讓青海民政廳長王玉堂暫代省主席。在此時刻，馬步芳權衡利害，不想先輩創立的基業拱手讓人，於是與青海官員以聯名推薦形式，舉馬麟繼任。終於，蔣介石任命馬麟繼任青海省主席，馬步芳任新編第九師師長。
馬麟雖然當上了省主席，但青海的軍政大權實際掌握在馬步芳、馬步青之手。馬步芳一邊擴充軍力，一邊與叔父爭權。馬麟深知其侄兒心狠手辣，難以與之爭鋒，只有處處迴避。1932年初，胡宗南的中央軍第一師進駐天水。胡宗南深感馬步芳勢力日增，決心剪除。馬步芳為了阻止蔣介石、胡宗南進佔青海，利用玉樹藏僧和青海商人因貨物價格問題發生糾紛之機，故意擴大事態，迫使藏僧轉請昌都藏軍於6月進入玉樹地區，爆發了青藏戰爭。由於馬步芳大造輿論，故意造成緊張局勢，蔣介石只得命令馬步芳出兵反擊藏軍。雙方經過幾個月的戰鬥，至10月初，藏軍全線潰敗，馬軍逼進昌都，並與四川劉文輝部聯合出擊，進軍昌都，藏方被迫要求停戰。1933年4月10日，藏方與南京政府簽訂了《青藏和約》。青藏戰爭不僅使馬步芳渡過難關，而且還鞏固了他在青海的統治地位。
青藏戰爭剛結束，馬步芳又遇到孫殿英率部前來&ldo;開發&rdo;青海柴達木的威脅。青海是馬步芳兄弟的一統天下，當然容不得孫殿英來佔去一部分地盤。寧夏的馬鴻逵、馬鴻賓以及甘肅省主席兼甘肅綏靖公署主任朱紹良都擔心孫殿英到來會惹起事端。於是，四馬聯合朱紹良發起拒孫之戰，於1934年3月將孫殿英打敗。拒孫之戰後，馬步芳又派人到何應欽、朱紹良等處活動，使其新編第九師擴編為新編第二軍，下轄一師兩騎兵旅，兵力增至二萬五千餘人。
1935年下半年，紅軍長徵到達川、康時，蔣介石急令馬步芳在青海、甘肅南部阻擊紅軍，馬步芳為了儲存實力，守住青海，採取了消極敷衍的態度。但是，到了1936年10月，紅四方面軍組成西路
