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8月16日，粵軍分三路進攻桂軍：左路由鄧鏗指揮，進攻饒平、潮安；右路由許崇智指揮，進攻大埔、梅縣、興寧。由於桂系治粵四年，作惡多端，廣東人民恨之入骨，紛紛支援粵軍回師。各地民軍也起義響應。廣東地方派軍人李福林、魏邦平等又宣佈脫離桂系。這樣，桂軍兵敗如山倒，狼狽潰退。粵軍於10月22日佔領惠州；10月28日攻克廣州。岑春煊、莫榮新等率桂軍殘部逃回廣西。是役，孫中山損失了一位親密戰友。9月21日，朱執信為調停虎門駐軍（叛桂反正）與東莞民軍的衝突時不幸遇難犧牲。
粵軍攻克廣東後，11月10日，孫中山在上海任命陳炯明為廣東省長兼粵軍總司令，廢除廣東督軍一職。11月25日，孫中山偕唐紹儀、伍廷芳等離開上海，28日抵達廣州，重組護法軍政府。1921年4月7日，非常國會選舉孫中山為中華民國非常大總統。孫中山任命陳炯明為陸軍部總長兼內務部總長，又說服他加入國民黨，並任命他為國民黨廣東支部長。孫中山對陳炯明的抬舉和忍讓，並沒有使陳炯明與孫中山等同心同德，他反而更加飛揚跋扈，政治野心越來越膨脹。
孫中山組建政府後，主要目標是要進行北伐，打倒軍閥，統一中國。為鞏固廣東政權，首先要肅清桂系軍閥。但陳炯明卻提倡&ldo;聯省自治&rdo;，反對伐桂。而桂系軍閥退回廣西後，並不甘心失敗，1921年6月13日，桂軍分三路攻粵。至此，陳炯明才被迫進行反擊，和孫中山暫趨一致。
6月27日，孫中山下令討伐桂系軍閥，任命陳炯明為&ldo;援桂&rdo;粵軍總司令，兵分三路還擊桂軍。與此同時，總統府參謀總長李烈鈞與雲南唐繼堯、貴州盧燾也組成滇黔贛討陸聯軍，從桂西、北直搗桂林、柳州，配合粵軍作戰。在桂粵兩軍決戰於梧州之際，桂軍劉震寰部因事先受國民黨之運動，宣佈獨立響應，桂軍便兵敗潰退。粵軍長驅直入，協同滇、黔、贛各軍，只三個多月，全部攻佔廣西，陸榮廷、譚浩明等逃往越南河內。
孫中山據有兩廣，決定乘勝出師北伐，並屢電陳炯明令他出師參加北伐，但陳炯明以準備不足為由加以反對。10月23日，孫中山親到廣西南寧會晤陳炯明，但陳炯明仍不聽勸請，最後，孫中山只得說：&ldo;兩廣請兄主持，唯無阻我北伐，並請切實接濟餉械。&rdo;陳炯明表面答應，然後返回廣州。12月10日，孫中山在桂林設立大本營，抽調軍隊，準備大舉北代。當時參加北伐的軍隊有許崇智的粵軍第二軍、李福林的福軍、朱培德的滇軍、彭程萬贛軍、谷正倫的黔軍等，共十三旅約三萬人。以李烈鈞為參謀長，胡漢民為民官長。而陳炯明的粵軍第一軍除抽出三營編為大本營警衛團外，都不參加北伐。
1922年2月3日，孫中山在桂林下令北伐。陳炯明留守廣州，不但不接濟餉械，反而與湖南督軍趙恆惕勾結，欲置北伐軍於死地。正如孫中山事後所說的：&ldo;綜此二者，一為阻我前進，一為絕我歸路&rdo;。3月21日，孫中山的親密同志，留守廣州的粵軍參謀長兼第一師師長鄧鏗，被陳炯明的親信部屬暗殺。孫中山聞訊，極為哀痛和義憤，決定回師廣東。在回師途中，孫中山在梧州和肇慶，兩度電召陳炯明前來會晤。陳炯明不但不來，反而以辭去本兼各職相要挾。孫中山震怒，於4月21日下令免去陳炯明廣東省長、粵軍總司令及內務部總長三職。陳炯明於即日宣佈下野，離開廣州赴惠州，令其部佈防於石龍、虎門等地；又密令在廣西的前敵總指揮葉舉（廣東惠陽人）率&ldo;陳家軍&rdo;主力，迅速回師廣州，以對抗孫中山。
4月22日，孫中山回到廣州。手下將領主張先消滅&ldo;陳家軍&rdo;，再進行北伐。但孫中山為避免引起內戰，同時仍希
