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北京政變成功之後，馮玉祥聯同胡景翼、孫嶽將所部改為國民軍，宣佈脫離直系軍閥系統，自成一派。國民軍共三個軍，馮玉祥任總司令兼第一軍軍長，胡、孫分任副總司令兼第二、三軍軍長。次年，馮玉祥任西北邊防督辦，所部駐紮北京、察哈爾及綏遠地區，第一軍改稱西北陸軍，歸西北邊防督辦公署直轄，並增編為六個師又三個旅，因此，馮玉祥所屬各部又被稱為西北軍。
馮玉祥發動北京政變，囚禁曹錕，驅逐清室，脫離直系軍閥系統，組建國民軍，這些都是帶有革命性質的重大政治舉動。但是，由於政治立場的侷限，馮玉祥不可能從根本上提出推翻軍閥統治的政治主張。他一方面電請孫中山北上共商國是，一面又與奉系軍閥張作霖聯合，推出段祺瑞就任中華民國臨時執政，使政權又落到段祺瑞、張作霖手中。
得知北京政變的訊息及接到馮玉祥的電邀，在廣州正在與共產黨合作，改組國民黨，成立國共合作統一戰線的孫中山先生，也極受鼓舞，馬上打電報給馮玉祥，電文說：&ldo;……大憝肅清，諸兄功在國家，同深慶幸！建設大計，即欲決定。擬即日北上，與諸兄晤商。先此電達，諸維鑒及。……&rdo;馮玉祥也立即回電孫中山，請早日北來，指示建國方針。並派馬伯援為代表持他的親筆信，前往廣東歡迎孫中山先生。馮玉祥囑咐鹿鍾麟：&ldo;孫先生到京後，一定要盡力保護。&rdo;並說：&ldo;國民軍的隊伍，就等於孫先生的隊伍，應聽從孫先生的指揮。&rdo;
孫中山於1924年11月13日抱病北上，17日到達上海，22日乘船東渡北京。當孫中山到達北京的時候，馮玉祥卻因張作霖和吳佩孚的聯合壓迫，已離開北京。孫中山在旅途中積勞病倒，於3月12日在北京逝世。
原來，北京政變後，馮玉祥、張作霖、段祺瑞三派共同把持北京政權。此時皖系的軍事勢力所存無幾，段祺瑞政府的基礎只是建築在馮奉兩系的軍事均勢之上。馮奉控制北京政權後，雙方的矛盾不斷產生並激化，11日及12月間，馮玉祥和張作霖先後採取&ldo;以退為進&rdo;的手法，提出辭職，恫嚇對方。段祺瑞不得不從中調解，作出&ldo;巧妙&rdo;處理。1925年1月，段祺瑞準馮玉祥辭去陸軍檢閱使一職，專任西北邊防督辦；準張作霖辭去東三省巡閱使一職（各省巡閱使也一律裁撤），另加任張作霖為東北邊防督辦，以與馮的西北邊防督辦相對稱。馮奉兩系的勢力範圍也劃分清楚，津浦線為奉系的發展方向，京漢線為馮系的發展方向。由於段祺瑞的撮合，馮張兩人互換蘭譜結為異姓兄弟，雙方的矛盾暫時得到了緩和。
由於馮玉祥部將鹿鍾麟任京畿警備司令、張之江任察哈爾都統，李鳴鐘任綏遠都統，馮玉祥的西北邊防督辦並不是一個有名無實的空銜。馮玉祥在1924年12月12日通電取銷國民軍的名稱，並且宣佈解除國民軍總司令一職，但是國民軍這個名稱仍然被沿用，與西北軍並稱。馮玉祥的國民軍第一軍表面上僅有三個師，即宋哲元的第十一師、鹿鍾麟的暫編第一師和劉鬱芬的暫編第二師，但是實際上該軍已經擴充到七八萬人，加上國民軍第二、第三兩軍，共有十七八萬人，成為北方除了奉系以外最大的一支武裝力量。
馮玉祥將軍的民主傾向，受到共產黨人和國民黨人的關注。李大釗派人到馮玉祥的國民軍中工作，並親自對馮做工作。經李大釗和徐謙的介紹，馮玉祥結識了蘇聯駐華大使，決定為實現孫中山的聯俄、聯共、扶助農工三大政策，請蘇聯政府派人幫助訓練軍隊。1925年10月，蘇聯顧問到達張家口，馮玉祥派他們去訓練軍隊，他自己也聽蘇聯政治顧問給他講政治課，並任命共產黨員劉伯堅做他的
