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之後，內閣的內部組織也日益規範。明太宗沒有明確幾位秘書的次序，但當了宰相就不可能不排座次。英宗朝定下了四殿二閣的次序：華蓋殿（世宗重建紫禁城後改名中極殿）、謹身殿（改名建極殿）、文華殿、武英殿、文淵閣、東閣。其中，文淵閣是宰相辦公和召開常務委員會之處，與唐宋政事堂無異。而東閣相當於內閣的辦公廳，有幾十名中書舍人幫宰相們處理文字雜務，相當於他們的秘書。至於華蓋殿其實是禮堂，借個名而已。這其中，排名第一的華蓋殿（中極殿）大學士具有特殊意義。一個規範的組織必有自己的長官，明英宗將自己踢出內閣後，華蓋殿大學士便被稱作首席輔政大學士，簡稱首輔、元輔、首揆等。世宗朝首輔張璁便公開宣稱：&ldo;大學士即為真宰相，首輔其實就是首相。&rdo;明世宗也對此說表示贊同。至此，儘管在正式檔案中仍然要避諱&ldo;宰相&rdo;二字，但大家平時都將閣員稱作宰相，首輔稱首相。
到後來人們竟然到了忘記大學士只是有宰相之實，名義上仍只是五品秘書的搞笑境地。明末首輔葉向高曾因政治派系鬥爭，很多官僚不聽他指揮，丟擲一句怨言：&ldo;閣臣無宰相之實，而虛掛著宰相之名，造成這樣（黨爭）的大害！&rdo;
五、權力越大，責任越大
從歷史發展的角度看，明朝內閣制是中華帝國行政組織體系發展到明代的一種最終成熟狀態，有幾個顯著特徵：
第一，皇帝、宰相、職能部門層次分明，權力、義務、責任明晰。宰相組成的常務委員會是核心權力機構，但宰相一般也不兼任部門長官。西方的內閣制很大程度上效仿明制，但閣員一般都由各部門長官充任，權力更大，帶有濃厚的領主議會制色彩。
第二，報批制和常務委員會製成熟規範。除皇帝批紅外，所有決議都由部門常務委員會研究產生，而以非長官個人名義，透過東閣的赦房、朝廷的通政司等規範的法定渠道傳遞。
第三，內閣並非只是最高行政決策層，同時仍兼掌秘書、學術、道義各方面的制高點。明朝內閣比前代宰相權力更大便源於此，不僅掌實了最高行政決策環節，同時也沒有失去最初在翰林院的學術職能。大學士既是宰相，也是皇帝的貼身秘書，又是最主要的諮詢機構，還是最權威的學者。他們不但從行政程式上包圍皇帝，扼制百官，還從學術和思想方面深刻地影響著整個帝國的方方面面。當然，他們也確實是世上最優秀的行政人才和思想家，這是經過考試證明而非當權者的自由評價。
第四，各權力主體的制約更多更完善。明朝宰相的權力空前龐大，但又從未出現過漢唐弒君篡位的故事，正是因為制約也很完善。首先，宰相是幾個人而不是一個人，相互就有制約。其次，宰相儘管是行政權力鏈條中最關鍵的一環，但皇帝有批准權，部門有執行權，也不要當別人不存在。當然，最重要的還是明代的社會基礎，宋代無貴族的平行化社會已經比較成熟，儘管明初體現出嚴重倒退，但很快走回正軌。社會不允許任何人建立私有門閥組織，即便是張璁、張居正這樣的大權臣，在職時權傾天下，一旦離職，也就一普通人，更無可能將權位傳承給後代，不會形成曹操、楊忠那樣的權臣世族。明朝成熟的思想體系也制約著宰相的行為，嚴格的科舉考試保障了大多數官僚的高素質，儘管也出現過周廷儒、溫體仁這樣的奸臣，但總體來說大多數還是正直的儒士，真有人敢行篡逆之事，周圍的人直接拿口水就把他淹死了，還想拉同黨？
當然，最重要的形式制約還是宰相產生的程式，這是明朝也可以說是當時世界政治生活中最熱鬧的一件事，大致和今天美國總統選舉差不多。閣員產生的程式主要有兩種：特簡和廷推。
特簡是皇帝直接指定誰入閣，明太宗的內
