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在洞庫的掩護下，儘管基地周邊城鎮都被摧毀了，但該處潛艇未因空襲而受任何損失。根據洞庫記錄，共經歷了30次大規模空襲，其中有三次異常猛烈。1943 年2月28日英國皇家空軍出動430架突擊港區，隨後又在3月22日和28日，兩次分別出動350架，320架轟炸機再次轟炸該地，三次攻擊總共有58架飛機被擊落。
d日過後，該處的潛艇全部被轉移到挪威的各個基地，最後一艘轉移的潛艇（u-267）於1944年9月23日離開。隨後，希特勒宣佈此地為固若金湯的要塞，德國地面部隊對盟軍給予了堅決的抵抗，並一直堅持到戰爭即將結束時。在固守聖納扎爾期間，有數艘潛艇依舊駛入該港進行補給及維修：1945年2月期間，u-275駛入該基地維修了艇上的裝置。最後一艘離開的潛艇是u-255號，u-255號因為等待維修而被困在聖納扎爾相當長一段時間，1944年秋季，一架水上飛機帶來了潛艇維修需要的零部件，u-255號終於在1945年5月8日，德國宣佈投降的同時，離開了聖納扎爾。
最後一艘進入該基地的是剛從遠東趕來的u-510號，直到盟軍佔領該基地時，它仍舊沒有離開，之後被編入法國海軍序列。
拉帕里斯
該基地也被稱為&ldo;拉羅切爾&rdo;，1940年時被德軍佔領，但直到1941年秋季才成為潛艇的作戰基地。起先，駐紮在這裡的是義大利海軍艦艇，然而，1941 年春天，德國人決定在港區東部興建一座洞庫群以供德國潛艇使用。洞庫群的一期工程從1941年4月開工，於當年10月27日竣工，竣工時有兩條船塢，三週後第3潛艇支隊的第一艘潛艇便正式入住。
工程的建設隊伍主要由&ldo;託德小組&rdo;的490餘名僱員以及約1800名普通勞工組成。整座洞庫設計有10座船塢，一期工程的兩條船塢長925米，寬17 米，是可容納兩艘潛艇的濕船塢。3至7號船塢長度與前者相同，但寬度只有11米，僅供一艘潛艇使用。8號與9號船塢要長一點，約100米。3號至9號都是幹船塢。10號船塢一直沒有完工，本來設計是一座17米寬可容納兩艘潛艇的幹船塢。
與其他洞庫的船塢一樣，船塢之間有碼頭和隔牆，碼頭的寬度在45至5米之間，然而，7號與8號之間的碼頭比較特殊，寬度達到了15米，而且長度貫穿整座洞庫，並且向外延伸了近200米，成為一條堤岸，在堤岸上還有兩條鐵軌延伸進洞庫內部。
洞庫群主體建築長195米，寬165米，高14米，1至5號船塢的頂蓋厚達7米，其餘部分也厚達65米。戰爭期間，德國人還不斷的為主體建築增加新的防空層。
洞庫群所在周邊還有數量眾多的附屬建築，都是按照碉堡的設計建造的。緊貼主體建築的有：東北部一座尺寸為30米&tis;50米，高25米的發電機房；貼著南部外牆靠近主通道的一座混凝土建造的燃料庫；東北部，離主體建築約1公里處有三座魚雷倉庫；倉庫西部另有一座指揮部和一座配電房；港灣入口還有防護船閘。
德國人對該處基地是防護有加，但是盟軍對此地似乎並未給予足夠的重視，戰爭期間只有八次空襲行動，而且都未傷及皮毛。真正的威脅來自，諾曼第登陸以後，如同在法國的其他基地一樣，這裡的潛艇也逐步的轉移到挪威的各處去了。空置的洞庫群被作為堡壘一直堅守到1945年5月8日德國宣佈投降。此時，洞庫內還有一艘viic型潛艇u-766號，這艘艇被盟軍俘獲，最終編入法國海軍。
波爾多
波爾多在1940年秋季起就成為了軸心國海軍的基地之一。鄧尼茲決定於1941年中期在波爾多的二號泊位
