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其次，在考古鑑定上也存在許多問題。目前，我們的考古測定通常用碳-14測定法，但碳-14本身很不穩定，年代越遠差距也就越大，在人類化石測定方面有的誤差竟達幾萬年或幾十萬年。
還有，關於人類起源的研究時間並不算長，在20世紀初葉的時候，一些學者認為人類出現在四千年以前，後來經過考古發掘，把這個年代逐漸高移，1萬年，25萬年，結果定為4萬年，再往後美國的考古學家又提出了10萬年說……而且在這其中也伴隨著相當大的學術爭議。
因此，不少人對這套進化模式持懷疑的態度。儘管從猿到人的進化有許多諸如考古等方面的證據，但仔細分析起來，其中仍不難發現許多問題，如猿和猿人和古人之間的過渡型別是什麼？古人是如何向新人飛躍的？是什麼力量促使他們變化的呢？為什麼缺少中間型別的化石？
有人從進化的角度提出疑問：脊椎靈長類動物的四肢都著地，這樣分散了脊椎的壓力，這從生物學的角度來講是合理的。而人卻是直立行走的，直立人的脊椎所承受的壓力過分集中，反而不如四肢行走的脊椎動物合理，為什麼會發現這種進化呢？它是進化還是退化？按一般觀念認為，人類手腳的分離是在勞動過程中形成的。當自然環境的變化將古猿趕出叢林，古猿不得不用前肢去挖掘植物的根莖，從而使前肢進化為手臂。然而，我們發現藍田人及山頂洞人，他們都生活在植物比較茂密的山區，而在這種自然條件下，用四肢行動難道不比用後肢行動更為有利一些嗎？怎會發生手腳分離的演化呢？
再者，用血漿蛋白分子差異程度的測定發現人與現在的大猿、黑猿最為接近，大約在4000萬年以前，人與大猿、黑猿分手。但奇怪的是經過400o萬年漫長的歲月，大猿和黑猿幾乎沒有什麼明顯的變化，它永遠屬於靈長類哺乳動物。照目前的進化程度看，它再過4000萬年也不會進化成智人和現代人，為什麼在地球上唯有人類的進化如此迅速呢？
人種問題也是進化論者不易破解的謎案。現在世界上基本有白、黃、黑、棕色四大人種。如果進化論是正確的，那麼這四種人應該是由四種猿分別進化而來。然而，進化論者又斷言，從猿進化到人是自然的偶然現象，地球上只有一支猿類進化成了人，所以它不可能普遍適應靈長類的進化模式，這本身不是很矛盾的嗎？既然至少有四種猿可以進化成人，那麼為什麼經過幾百萬年其它猿類依然是猿，絲毫沒有進化成人的趨勢呢？我們是否已經發現正在進化成智慧生物的猿類呢？再者，人類的四種膚色又是怎麼決定的呢？如果是偶然發生的變異，為什麼會形成同一地區，同一膚色的人種呢？而且，這種變異又與自然生存有什麼關係呢（達爾文認為，只是適於生存的變異才可能遺傳）？如果人種膚色是自然遺傳而來，那麼我們是否發現過具有這四種顏色的猿類呢？
人類起源的新假說
由此可見，關於人類起源一直是個待解之謎，難怪現代科學將人類起源問題列為六大懸案之一。近些年，人們從不同的角度對人類的起源提出了新的假說。
人類起源於外星人的假說，是近幾年西方最新的一種假說，它是由西方科學家馬蒂斯提出來的，其根據是在聖地亞哥發現的一個頭蓋骨化石。他研究了這個頭蓋骨後認為，這具頭蓋骨所代表的人種，其智力要遠遠高出我們今天的人類，從而推測這是一個外星人的遺骨，進而提出人類祖先是外星人的假說，他認為，大約在五萬年前，一批外星人來到地球，他們具有高度的智慧。當他們發現地球引力環境不適合他們居住時，他們選擇地球上精力旺盛和智力較高的雌猿進行雜交，這便是我們人類的祖先。
還有一些科學家，根據人類體表特徵與海洋生物十分接近的
