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那位大統領上任沒多久，就遇到了麻煩，一時間半島政壇風雲動盪，班行遠無心也無力關注。
2003年5月，感覺到一直研究的數學問題到了突破的時候。除了每週上一節歷史文化課還有正常的學生指導，其他的活動全都推掉，全力攻堅。這一次的數學證明非常艱辛，耗盡了他全部的精力。
因為在證明過程中突然來了靈感，順手解決了一個電腦科學領域關於計算複雜性的問題。這個問題是電腦科學的核心問題之一，之前普遍認為這個問題是哥德爾描述的那類不可證明的問題，也就是在現有體系內不能證明真假。班行遠儘管沒有完整的證明這個問題，也沒有給出問題證明的路線方向，但是他最終證明了這一問題是可證的。這也是很了不起的突破，畢竟明確了今後工作的方向。同時在證明過程中還得到了一個很意外的結果：至少存在一個未知的嚴格順序執行並且能夠完整執行的演算法，該演算法前面步驟的計算依賴後面步驟的結果，該演算法在現有體系下無法設計無法描述。論文發表後立即引起轟動。
那個計算複雜性問題可以證明的結論倒還好，關鍵是班行遠在論文裡提到的那個演算法，這完全是一個重大發現，預示著在電腦科學方面還有許多的未知需要探索。編寫排版軟體那次不算，班行遠這次算是進入電腦科學的圈子裡了。
不單是計算機學界，在數學界一些數學家受到班行遠論文的啟發，證明了存在一類數學問題，這類問題只能用歸納法證明，並且在用歸納法證明時要想前面的環節是正確的必須首先要後面的環節正確。面對這些成果，無數的學者陷入了沉默，因為現實中一些重要的數學猜想真的不能排除是這類問題的可能。這完全是顛覆性的，也意味著全新的方向和方法。數學家一向都不擔心有新的難題，反而跟擔心不知道有沒有難題。有困難解決就好，反正他們是世界上最聰明的人。
一些學者斷言，班行遠的這篇論文值得一個圖靈碗和一個菲爾茨獎。電腦科學和數學其實是不分家的。
班行遠已經顧不上外界的這些紛擾了。整個工作進展的十分順利，畢竟所有的內容都已經在腦子裡了，只要把論文寫好就可以了，所有工作到7月中旬就可以完成。但是還是因為一場意外住院，延遲了一段時間。
班行遠是在非典爆發前返回韓國的，但還是意外的中招了，禽流感。
本來以為只是普通的感冒，但是症狀越來越嚴重，不得不住院治療，最經確診禽流感。這下子熱鬧了，班行遠是一個老師還帶著課呢，整個首爾大學都緊張起來，寶兒、徐珠璇、金泰熙……數不清的密接、次密接。還好經過排查只有他一個人確診。
也合該他倒黴。李惠安的離世對他的打擊太大了。雖然看上去沒什麼事的樣子，但實際上無時不刻都處於極度的痛苦之中，他的精神一直都處於崩潰的邊緣。高強度的腦力活動在榨乾他全部精力的同時，也透支了他的健康。
最初住院的時候情況並不算太嚴重，忽然有一天就兇險了起來，班行院被送入了重症監護病房。已經解除確診風危的寶兒收到醫院的病危通知後一下子就癱在了地上。得到訊息匆匆趕來的金泰熙和徐朱璇兩個人合力攙扶著她趕到了醫院。寶兒的手抖得都沒有辦法在有關檔案上簽字了，最後還是三個人中年齡最大的金泰熙簽署了有關的檔案。情況緊急，她也顧不上是不是符合親屬關係的要求了。寶兒已經無法想像也無法承受親人的再一次離開了。三個人隔著玻璃窗看到渾身插滿各種管子的班行遠後抱在一起大哭起來。
還好有驚無險。在重症監護病房搶救了10天后，逐漸恢復的班行遠回到了普通病房。流調顯示，病原體是鳥類在他的院子停留帶來的，如果班行遠住的是樓房完全不會遇上這個無妄之害。醫生也告訴他但凡
